Народився близько 1597 року в благочестивій родині. Близько з часом народження святого Афанасія в 1596 році в місті Бресті була укладена унія між частиною Православної Церкви Руси, що входила в той час до складу Польсько-Литовської держави, і Римо- Католицькою Церквою.
Замолоду він якийсь час викладав у домах польського шляхетства, у тому числі в канцлера Литовського Лева Сапеги. Розгульне життя, яке він спостерігав при дворі польського вельможі, лише зміцнила в преподобному Афанасії намір залишити мирську суєту. Він усамітнився у Віленський Свято-Духівський монастир, де в 1627 році прийняв чернечий постриг від ігумена Йосифа. Звідси преподобний Афанасій був посланий на послух спочатку в Кутеїнський монастир під Оршею, а потім у Межигірський, близько Києва, де «не малий час вчився волі Божої й життя за законом». 3 Межигір'я преподобний Афанасій був знову покликаний у Вільно, де преподобний був посвячений у сан ієромонаха й потім призначений намісником Дубійської (Дубовської) обителі під Пінськом. Через три роки, в 1636 році, обитель опинилась у веденні єзуїтів; преподобний Афанасій був переведений на послух у Куп'ятицький монастир. В 1640 році святий Афанасій був призначений ігуменом Симеонова монастиря в Бресті. Прибувши в Брест на ігуменство, преподобний Афанасій насамперед розшукав старі грамоти, єпископські й королівські, якими затверджувалися права й переваги довіреного йому монастиря. Знайшовши в грамотах, що «унія зі старим Римом, прийнята всупереч законам Східної Церкви, проклята навіки», преподобний Афанасій став відкрито в храмі й інших місцях повчати про це. Це спричинило настільки сильну дію, що у всьому воєводстві уніати почали відчувати найбільшу тривогу. В 1641 році святий Афанасій відправився у Варшаву на сейм, де збирався закріпити споконвічні переваги православного братства в Бресті й відстояти богослужіння й обряди за статутом Східної Церкви, але йому відмовили. Тоді преподобний Афанасій звернувся за порадою й допомогою до православних духовних впливових осіб, але й тут не знайшов він підтримки.
Співаючи одного разу акафіст Божій Матері, святий Афанасій раптом виразно почув від її образа слова: «Афанасію! Скаржся тепер на сеймі за допомогою ікони Моєї Куп'ятицької, на хресті зображеній, перед королем польським і державою, загрожуючи праведним гнівом і страшним судом Божим, який от-от воістину настане, якщо не опам'ятаються. Нехай насамперед навіки засудять прокляту унію - у цьому найбільш насущна потреба і їм ще може бути добре». Виконуючи це веління, преподобний в 1643 році, уподібнюючись до святого пророка Іллі, ревнителя про істинну віру, відправився на сейм у Варшаву, взявши із собою образки Куп'ятицької ікони Богоматері й записане застереження про гнів Божий за переслідування Православ'я й заступництво унії, які й роздав усім знатним членам сейму, у тому числі й королеві. Він звернувся в сеймі до короля з промовою, у якій виклав усі утиски й образи, що чинились православним єзуїтами й уніатами. До сміливих слів подвижника поставились з явним невдоволенням і відправили його на суд до Київського митрополита Петра Могили. У Києві преподобний був виправданий і на прохання братії Брестського монастиря знову відновлений в ігуменському сані. Після повернення до Бреста преподобний Афанасій цілком віддався чернечим подвигам. Відокремлене життя ченців постійно порушувалося нападами на монастир, знущаннями, глузуваннями, перешкодами в спілкуванні зі святинею й іншими утисками, що спричинялися єзуїтами й уніатами.
У листопаді 1644 року він був узятий під варту, відвезений у Варшаву й кинутий в окови, в яких утримувався більш року. В ув'язненні святий Афанасій написав молитвослів'я, яке розспівував для угамування душевного болю: «Пошли спокій Церкві Своїй, Христі Боже! Не знаю, чи може хто з нас терпіти далі! Дай нам допомогу у смутку, щоб ми цілком віддалися вірі святі, непорочній». З в'язниці преподобний Афанасій написав королю Владиславу IV три послання, причому одне з них на генеральний сейм 1645 року із проханням захистити Православну Церкву.
Результатом цих послань було те, що Київському митрополитові було запропоновано забрати святого Афанасія з в'язниці й відправити його в таке місце, де б він уже не міг «чинити ніяких тривог». Виконуючи веління короля, митрополит Петро Могила залишив Брестського ігумена в Києво-Печерському монастирі. Під впливом явної прихильності православних до святого, після кончини митрополита Петра Могили, що сталася 1 січня 1647 року, преподобний Афанасій знову приступив до свого ігуменства. Під час перебування в Києво-Печерській Лаврі святий Афанасій створив одне із знаменних своїх творінь «Щоденник» («Діаріуш»). Як свідчить історія створення «Щоденника» і сам текст цього видатного пам'ятника суспільної думки першої половини ХVІІ століття, святий Афанасій прагнув створити такий літературний пам'ятник, який викривав би унію, мав актуальність не тільки в той час, але й у майбутньому, і в якому була б показана одна з історичних сторінок напруженої боротьби православного народу проти римо-католицької агресії.
Повернувшись у Брест, святий Афанасій недовго відчував спокій у своїй обителі. У липні 1648 року його знову заарештували за неправдивим обвинуваченням у допомозі повсталим козакам. Коли обвинувачення не підтвердилося, судді запитали преподобного: «Ти проклинав унію?» «Так, відповів святий Афанасій, тому що вона і є проклята». Цього було достатньо для тих, хто жадав крові Брестського ігумена. Єзуїти, знаючи, що він засуджений на смерть, підіслали до нього свою людину, яка намагалася переконати святого не губити себе. Але страждалець за істину відповів йому: «Нехай єзуїти знають, що як їм приємно перебувати в принадностях світу цього, так мені приємно піти тепер на смерть».
У ніч на 5 вересня 1648 року гайдуки повели преподобного Афанасія в сосновий бір біля села Гершановичі. Там вони змусили його вирити собі яму, а потім, катуючи розпеченим залізом, примушували відмовитися від слів, вимовлених ігуменом проти унії й католицизму. Не втрачаючи самовладання, святий подвижник мужньо відповів катам: «Що я сказав, те сказав, і з тим помираю». Після цих слів кати наказали одному із розчулених гайдуків розстріляти святого Афанасія. Вражений мужністю й стійкістю святого ігумена, гайдук просив у нього прощення й пастирського благословення. Отримавши те й інше, він вистрілив, але не вбив святого. Поранений двома мушкетними кулями преподобний Афанасій із закривавленою головою продовжував стояти, притулившись до сосни. Страшне криваве видовище при сильній грозі, що раптово вибухнула, настільки злякало гайдуків, що вони поспішили зіштовхнути його ще живим у яму, у якій воїн за віру Христову повернувся лицем догори, склав руки хрестоподібно й віддав душу Господу.
Протягом восьми місяців тіло страждальця за Православ'я, засипане землею, лежало в невідомості без церковного чину поховання. 1 травня 1649 року один хлопчик указав братії Брестського Симеонівського монастиря місце поховання їх ігумена. Виявилось, що земля, у якій був похований мученик, тимчасово належала єзуїтам, тому довелося діяти таємно. Ченці вночі викопали нетлінне тіло ігумена й негайно перенесли на інше місце, а ранком у свій монастир. Через кілька днів, 8 травня 1649 року преподобний Афанасій був із честю похований біля правого криласу в головному храмі монастиря на честь преподобного Симеона Стовпника.
Преподобний Афанасій був визнаний шанованим святим незабаром після своєї мученицької кончини. В 1666 році в Бресті було складено життя польською мовою, у якому ігумен Афанасій називається «святим і преподобномучеником». Глибоко шанувалось віруючими святе ім'я преподобномученика, а нетлінні мощі його, покладені в мідну гробницю, були прославлені благодатним даром чудотворення і залучали безліч віруючих.
8 листопада 1816 року під час пожежі, що відбулася в Брестському Симеонівському монастирі, дерев'яний монастирський храм згорів, а мідна гробниця, в якій зберігалися мощі святого, розплавилася. Обпалені частки святих мощей преподобномученика Афанасія, що вціліли в полум'ї пожежі, були знайдені наступного дня священником Самуїлом Лисовським і благочестивими жителями міста Бреста. Їх уклали на олов'яне блюдо й поклали у вівтарі монастирської трапезної церкви. В 1823 році для часток мощей був улаштований ковчег і вони були поставлені для всенародного поклоніння. В 1824 році Симеонівський монастир був скасований, його храм став парафіяльним, а святі мощі преподобного Афанасія покладені в Миколаївському соборі. Після спорудження в 1865 році в місті Бресті нового кам'яного Симеонівського собору святі мощі преподобного були перенесені в храм. Богові було завгодно дарувати їм чудотворну силу, про що свідчать численні чудеса й зцілення.