Блаженний Пахомій народився 292 року в язичницькій родині у Латополісі (нині Есна) у Верхньому Єгипті. Але вже з дитинства він відчував огиду до ідолопоклонства і виявляв природну схильність до доброчесності. Під час походу Максиміна Даї проти Лікінія (312 р.) юнака примусили вступити до армії. Він був зворушений благодійністю християн міста Фіви до призовників, яких безцеремонно тягнули до гарнізону, неначе в'язнів. Незабаром звільнившись, юнак охрестився у селі Шенесет. Наступної ночі він побачив росу, що сходила з неба йому на голову, а потім загусла в його правиці й стала медом, що потік по всій землі. Юнак одразу почав вести подвижницьке життя, керуючись своєю совістю, і служити місцевим жителям, особливо під час епідемії чуми. Через три роки метушливе життя серед мирян стало виснажувати його, а гаряча любов до Бога спонукала піти в учні до старця, грубого і суворого, який жив у самоті поза селом, святого Паламона.
Строго випробувавши юнака, старець постриг його у монахи. Разом вони проводили у бдіннях коли півночі, а коли й цілу ніч, повторюючи уривки з Писання. Ченці постили щодня до вечора влітку, а взимку їли лише через день чи два, не вживаючи ані олії, ані вина, ані вареної їжі. Їхнє богослужіння складалося з п'ятдесяти низок псалмів, що переходили у цілонічну молитву, і шістдесяти низок псалмів удень. Решту часу вони також зберігали в думках і серці постійну пам'ять про Бога, згідно з порадою апостола (1 Сол. 5:17).
Щоб забезпечувати себе, а особливо піклуватися про бідних, вони плели різні речі з ниток, вовни або пальмового волокна, причому працювали навіть вночі, повторюючи слово Боже, щоб боротися зі сном.
Якщо ж сон таки долав їх, незважаючи на ручну працю, вони вставали і переносили пісок у кошиках з одного пустельного місця в інше. Якось на Великдень Пахомій налив трохи олії на подрібнену сіль, яку звичайно монахи додавали до їжі. Паламон, вдаривши себе в обличчя, заплакав і сказав: «Вчора мій Господь був розп'ятий, а я б сьогодні їв олію!»
Пахомій не лише охоче дотримувався суворого статуту свого старця, але й сам повсякчас пильнував над своїми думками й оберігав серце, скеровуючи всі сили свого розуму на запам'ятовування Слова Божого, щоб воно ставало його власним. Він мав звичай іти в пустелю, щоб молитися або стояти цілу ніч серед могил, простягаючи руки до неба, наче розп'ятий, і проливав стільки поту, що земля під його ногами перетворювалась на болото. Під час цих нічних молитов біси нападали на нього навіть видимим чином, але молодий монах продовжував хвалити Бога, знущаючись над їх марними зусиллями. Коли їхні напади ставали незносними, він ще дужче знесилював тіло і просив у Бога позбавити його сну, поки він нарешті не здобуде перемогу. Бог почув його молитви й обдарував його такою благодаттю, що його тіло вже на землі стало певною мірою нетлінним, як обіцяв Христос Своїм обранцям (Мк. 16:18): він міг безпечно наступати на змій і скорпіонів і переходити через Ніл серед крокодилів.
Після чотирьох років невидимої брані подвижник знову мав видіння небесної роси, але після цього Пахомій чекав ще три роки, перш ніж зовсім усамітнитись у пустелі (323). Прибувши у місце, зване Тавеннісі, на північно-східному березі Нілу, святий почув небесний голос, який наказував йому залишитися там, щоб створити монастир. Отримавши благословення Паламона, перед самою його смертю, Пахомій оселився там і присвятив себе суворому подвижництву.
Невдовзі до нього приєднався його старший брат Іоан. Ділячи усе, що мали, брати жили у повному самозреченні й роздавали плоди своєї праці бідним, лишаючи собі тільки найнеобхідніше для прожиття: два хліби та трохи солі на день. Наприкінці щоденного бдіння вони трохи відпочивали, сидячи, не спираючись спиною на стіну. Протягом дня вони не ховалися від нестерпної спеки, згадуючи Страсті Господа нашого Ісуса Христа та випробування мучеників.
Якось під час бдіння Пахомію явився ангел Божий і промовив: «Пахомію, Пахомію, Пахомію! Воля Божа, щоб ти служив людству і возз'єднував людей із Богом». Відтоді до нього стали приєднуватися селяни з навколишніх поселень, щоб разом вести подвижницьке життя: кожен жив окремо, як вважав за потрібне, і, як міг, забезпечував матеріальні потреби громади. Пахомій смиренно служив усім, приймав гостей, допомагав хворим братам і готував їжу, яку вживали учні, хоч сам досі харчувався хлібом і сіллю. Однак, грубі насельники не виявляли до нього поваги, зневажали його смиренність і навіть глузували над ним. Чоловік Божий терпів таке упродовж п'яти років, але, отримавши від Бога повеління під час нічної молитви, наклав на них правило спільного життя та рішучо вигнав усіх, хто не хотів його виконувати.
Незабаром з'явились нові кандидати на монастирське життя. Пахомій після ретельного випробування велів їм жити «у згоді зі Святим Письмом», маючи все спільне, в ідеальній рівності, наслідуючи апостольську громаду (пор. Діян. 2). Служачи усім, як і раніше, він навчав їх нести свій хрест, йдучи за Христом і не мати іншого клопоту, крім того, щоб закарбувати в умі слова Господа. Оповідають, що ангел, одягнений ченцем, показав Пахомію вбрання, яке він повинен носити, і передав йому дошку з написаним Статутом громади. Цей Статут призначав розподіляти їжу та питво кожному відповідно до його фізичного стану та трудовим зусиллям, не перешкоджаючи подвизатися тим, хто прагнув суворішої аскези. Ченці жили в окремих осередках, зібрані у «домівках», за їх прихильністю чи за заняттями, і збиралися тричі на день, щоб проспівати дванадцять низок псалмів та молитов. На зауваження Пахомія, що молитов надто мало, ангел відповів: «Я приписую все це, щоб бути впевненим, що навіть найменші зможуть неухильно дотримуватися Статуту. Щодо досконалих, вони не потребують закону, оскільки у своїй келії присвячують спогляданню Бога все своє життя».
Коли число братії досягло сотні, Пахомій збудував для них церкву в монастирі. У неділю він запрошував сільського священника служити в них божественну Літургію, не дозволяючи нікому з ченців приймати священство, щоб марнославство і ревнощі не порушували їх прекрасну гармонію. Незабаром після свого обрання на Александрійську кафедру, Тавеннісійську обитель відвідав святитель Афанасій (329). Але Пахомій, дізнавшись, що його хочуть висвятити на священника, сховався до відходу ієрарха.
Коли громада, названа ним Койнонія, стала дуже численною, Пахомій призначав найбільш досвідчених у доброчесності братів своїми помічниками. Один керував матеріальними питаннями, інші наглядали за «домівками», треті відповідали за догляд за хворими, приймали гостей або за продажем виробів, виготовлених у монастирі. Три рази на тиждень святий Пахомій проповідував усій громаді, тлумачив Святе Письмо, а по середах та п'ятницях старші у домівках по черзі наставляли своїх ченців.
До Пахомія захотіла приєднатися і його сестра, Марія. Святий доручив їй побудувати у селі окрему обитель. Там зібралося багато сестер, щоб вести життя, дуже схоже на життя ченців, під проводом досвідченого і мудрого старця на ім'я Петро.
Святий з обережністю приймав кандидатів, які приходили до нього, і часто відмовляв тим, хто раніше вів нечисте життя або мав різкий характер, побоюючись, що вони спокушатимуть інших братів. Але за тих, кого він прийняв, він боровся день і ніч, щоб звільнити їх від полону пристрастей. Стикаючись із неслухняними ченцями, Пахомій намагався виправити їх і наполегливо молився за них, збільшуючи пости, бдіння та інші подвиги, щоб вони покаялися і відчули тайну чернечого життя, скуштувавши спокій, народжуваний послухом. Та якщо вони все ж продовжували суперечити йому, старець відпускав їх із громади, щоб не заважати іншим братам зростати в страху перед Богом. Одного року він звільнив до ста ченців із трьохсот у громаді.
Завдяки дару прозорливості святий Пахомій дізнавався про гріхи й нечисті думки братів і міг зцілювати їх, перш ніж вони учиняли гріх. Святий лікував хворих і звільнював одержимих, як серед братів, так і серед мирян, які юрбами приходили до монастиря. Однак він в усьому покладався на волю Божу і ніколи не гнівався, коли Господь не відповідав на його молитви. Він учив, що вище тілесних зцілень зцілення душ, які каються і навертаються від гріхів чи недбалості до істинного Богопізнання. Він ніколи не просив у Бога видінь, бо вони можуть вводити в оману. Він казав: «Якщо ти бачиш чисту і смиренну людину, це велике видіння. Що може бути більше, ніж бачити невидимого Бога у видимій людині, храмі Божому?»
Навіть тоді, коли його спіткала хвороба, блаженний не дозволяв прислужувати йому й анітрохи не послаблював подвигів. Він знав тільки одні ліки: Ім'я Господа; на власному прикладі він навчав хворих терпіти і дякувати за хвороби, щоб здобути подвійний вінець за подвижництво і за терпіння у випробуваннях. Він умів безпомильно розпізнавати хвороби братів, чи були вони спричинені бісами, чи були наслідком їхніх пристрастей, і вчив долати їх правильним налаштуванням думок. Але коли йшлося про дійсну тілесну неміч, він сам служив хворим і не вагаючись дозволяв декому вживати м'ясо, незважаючи на чернечу традицію.
Коли кількість братів продовжувала зростати, Пахомій, прийнявши видіння, заснував інший монастир у с. Пабау (нині с. Фау-Кіблі), трохи нижче за течією Нілу (приблизно за 3 км. від Тавеннісі). Він побудував там дуже велику обитель і організував її за зразком Тавеннісі. Коли Пабау вже заселили, настоятель монастиря Хіновоскіон у Шенесеті попросив святого взяти його громади під свою опіку, налагодивши життя за тими ж правилами. Пахомій поїхав туди з кількома братами, яких він залишив у цій обителі, щоб передати ченцям дисципліну Койнонії. Так само було і в монастирі Монхосіс. Потім нове видіння спонукало його заснувати новий монастир у Це. На прохання єпископа Панополіса він заснував обитель і у цій місцині, водночас працюючи разом із братією на будівельних роботах.
Незабаром шанована людина на ім'я Петроній [5 лист.] запропонував святому монастир, заснований ним у Тебеу, в районі Діополіса. Святий Пахомій поставив на чолі цієї громади Аполлонія, а самому Петронію доручив іншу обитель Цміне поблизу Панополіса. Нарешті, після нового видіння, він заснував дуже великий монастир у Піхнумі, далеко на південь, у пустелі Сне. Ця величезна громада з дев'яти чоловічих і двох жіночих монастирів за життя святого Пахомія налічувала три тисячі ченців, а згодом до семи тисяч. Усі вони жили у мирі та вірності законам, встановленим Божою людиною. Не турбуючись про житейські клопоти, вони повсякчас підносились на небо, шляхом безмовного ангелоподібного життя. Святий Пахомій казав: «Воістину, якщо людина пильнуватиме за язиком і здобуде смирення, ангели будуть її друзями тут на землі, її душа буде як розлите благоухання, і день і ніч ангели поминатимуть її перед Богом, будь то чернець чи мирянин».
Коли слава святого Пахомія поширилася на весь Єгипет, деякі люди стали ставити під сумнів його дар ясновидіння та його одкровення. У 345 році Пахомія покликали у Латополіс на синод єпископів, які розпитували його з цього приводу. Пахомій відповів, що Господь не завжди надає йому дар розрізнення та бачення сердець, але лише тоді, коли Сам цього хоче, заради користі Койнонії та спасіння душ, мірою його власного підпорядкування волі Божій. Виправданий, він підніс подяку Богові. Ця пригода і нове заслання святого Афанасія дали йому нагоду сказати: «Ми повинні пережити всілякі випробування, бо це нам не на шкоду».
Близько Великодня 346 року в Койнонії вибухнула епідемія чуми, що забрала життя понад сотні найвідоміших братів. Зрештою хвороба спіткала і святого Пахомія. Але він відмовився від лікування. Хоча його тіло зовсім ослабло, очі святого полум'яніли. Він провів перші дні Страсної седмиці у молитвах щоб єдність Койнонії не порушилась після його смерті. Потім, зібравши братів, він запросив їх до себе, щоб засвідчити, що протягом усього свого життя нічого не приховував від них і жив як один із них, будучи всім слугою й зігріваючи своїх чад, як мати-годувальниця. Він додав, що правила і звичаї, встановлені ним за божественним натхненням, були єдиним способом здобути душевний мир і вічне спасіння. Близько П'ятдесятниці святий призначив своїм наступником Петронія, який також був уражений хворобою. Потім він велів братам отерти сльози, бо Господь закликав його приєднатися до отців. Пахомій дуже суворо наказав Феодору поховати його тіло в таємному місці, щоб його не вшановували, і закликав його піклуватися про недбалих братів. Подвижник передав Богові свою апостольську душу 9 травня 346 року у віці п'ятдесяти чотирьох років. У той час земля стряслася, всі відчули небесні пахощі, а декілька старців побачили ангельські воїнства, які супроводжували душу святого до місця його спокою.
Звістка про смерть святого Пахомія досягнула і Антонія Великого у його далекій пустелі. Преподобний похвалив велике кіновійне життя, засновником якого став цей новий апостол. Антонію казали, що пустельницьке життя принесло йому більшу славу. Він відповів на це, що був змушений обрати усамітнене життя, бо в той час ще не було кіновії, і додав: «У Царстві Небесному ми побачимо одне одного, побачимо всіх Отців, і, понад усе, нашого Вчителя і Бога нашого Ісуса Христа».
По смерті святого Пахомія Петроній правив Койнонією лише кілька днів, перш ніж віддати душу Богові. Тоді авва Ортисій був призначений стежити за дотриманням звичаїв та, наслідуючи приклад святого Пахомія, нести служіння словом. Але після повстання Аполлонія, настоятеля монастиря Монхосіс, Ортисій облишив посаду і призначив замість себе Феодора. По смерті безпосередніх учнів святого Пахомія монастирі Койнонії зростали у кількості і в добробуті, але цей розквіт тривав недовго. Невдовзі вони занепали й були захоплені варварами. Однак сам інститут спільножительного чернецтва, статут і, головне, дух кіновії, засновником якого був Пахомій, були успадковані Церквою. Вони й досі залишаються ідеальним способом наслідування апостольській громаді й сходами до Царства Небесного.